Začiatkom roku 2021 objavili vedci v Kolumbii znepokojujúci nový typ koronavírusu. Tento variant, nakoniec známy ako Mu, mal niekoľko znepokojujúcich mutácií, o ktorých sa odborníci domnievajú, že by mu mohli pomôcť vyhnúť sa obrane imunitného systému.

Počas nasledujúcich mesiacov sa Mo v Kolumbii rýchlo rozšírilo, Poháňa nový nárast prípadov Covid-19. Do konca augusta ho objavili v desiatkach krajín a Svetovej zdravotníckej organizácii vymenoval ju „Premenná záujmu“.

Joseph Fofer, genetický epidemiológ z University of Nebraska Medical Center a autor knihy Nedávna štúdia o premennej.

Potom to zmizlo. Dnes variant úplne zanikol.

na deltu resp Omicron Existujú varianty gama, iota alebo mu, ktoré viedli k lokálnym výbuchom, ale nikdy nezískali globálnu dominanciu. A hoci pochopenie Omicron zostáva kritickou prioritou verejného zdravia, z tohto menšieho počtu kmeňov sa treba poučiť, hovoria odborníci.

„Tento vírus nemá žiadnu motiváciu zastaviť adaptáciu a evolúciu,“ povedal Joel Werthem, molekulárny epidemiológ z Kalifornskej univerzity v San Diegu. „A vedieť, ako ste to robili v minulosti, nám pomôže pripraviť sa na to, čo by ste mohli robiť v budúcnosti.“

Štúdie sledovania tiež poukazujú na medzery v dohľade a chyby v politike – poskytujú viac dôkazov o tom, že medzinárodný zákaz cestovania v Amerike nebol účinný – a o tom, prečo vírus funguje, čo naznačuje, že v ranom štádiu pandémie bola prenosnosť dôležitejšia ako imunita. únikom.

Výskum tiež zdôrazňuje, aký dôležitý je kontext; Premenné, ktoré majú niekde vplyv, sa v iných nepresadia. V dôsledku toho je ťažké predpovedať, ktoré premenné sa stanú dominantnými, a udržať si prehľad o budúcich premenných a patogénoch si bude vyžadovať komplexné monitorovanie v takmer reálnom čase.

„Môžeme získať veľa, keď sa pozrieme na sekvenciu vírusového genómu a povieme si: „Jeden je pravdepodobne horší ako druhý,“ povedal Dr Werthem.

Tu je vidieť Mu

The Koronavírus Neustále sa mení a väčšina nových variantov zostáva nepovšimnutá alebo pomenovaná. Iní však bijú na poplach, buď preto, že sa rýchlo stávajú bežnejšími, alebo preto, že ich genómy vyzerajú zlovestne.

Oboje platilo pre Moa, keď sa rozšíril do Kolumbie. „Obsahoval niekoľko mutácií, ktoré ľudia pozorne sledovali,“ povedala Marie Petron, genetická epidemiologička z University of Sydney a autorka Moeovho nového článku. V iných imunologických variantoch, vrátane beta a gama, bolo zdokumentovaných niekoľko mutácií spike proteínu.

V novej štúdii, ktorá ešte nebola publikovaná vo vedeckom časopise, vedci porovnávali biologické vlastnosti Mu s vlastnosťami Alpha, Beta, Delta, Gamma a pôvodného vírusu. Zistili, že Mu sa nereplikuje rýchlejšie ako ktorýkoľvek iný variant, ale je najviac imunitne nepolapiteľný – odolnejší voči protilátkam ako ktorýkoľvek známy variant okrem Omicronu.

Analýzou genómových sekvencií vzoriek Mu zozbieraných z celého sveta výskumníci zrekonštruovali prevalenciu variantu. Dospeli k záveru, že Mu sa s najväčšou pravdepodobnosťou objavil v Južnej Amerike v polovici roku 2020. Potom koloval niekoľko mesiacov, kým bol objavený.

Povedal, že genomický dohľad v mnohých častiach Južnej Ameriky je „neúplný a neúplný“ Jesse Bloom, odborník na vírusovú evolúciu z Fred Hutchinson Cancer Research Center v Seattli. „Ak by bolo v týchto oblastiach lepšie monitorovanie, možno by bolo jednoduchšie rýchlo posúdiť, do akej miery je Mo znepokojený.“

Mo predstavil aj ďalšiu výzvu. Náhodou mala typ mutácie, známy ako mutácia s posunom rámca, ktorá bola vo vzorkách koronavírusov zriedkavá. Tieto mutácie boli označené ako chyby, keď sa vedci vrátane Dr. Fofera pokúsili nahrať svoje sekvencie Mu GISAIDmedzinárodné úložisko vírusových genómov používané na monitorovanie nových variantov.

Táto komplikácia spôsobila oneskorenie verejnej účasti Mo sekvencií. Výskumníci zistili, že čas medzi odberom vzorky vírusu od pacienta a zverejnením na GISAID bol vždy dlhší v prípade Mu ako v prípade Delta.

„Samotný genóm v podstate vytváral umelé medzery v sledovaní,“ povedal Dr. Faufer. „To má za následok, aspoň podľa našich skúseností, že údaje nemáme k dispozícii na týždne, keď sa ich bežne snažíme zverejniť v priebehu niekoľkých dní.“

(Výskumníci zdôraznili dôležitosť systémov kontroly kvality GISAID a úložisko problém vyriešilo.)

Skombinujte tieto monitorovacie medzery s Muovými imunitnými únikmi a vyzeralo to, že alternatíva sa chystá začať. Ale to sa nestalo. Namiesto toho vedci zistili, že Mo sa rozšíril z Južnej a Strednej Ameriky na iné kontinenty, ale keď sa tam dostal, nerozšíril sa široko. „Toto naznačovalo, že tento variant nie je nevyhnutne taký vhodný pre populáciu Severnej Ameriky a Európy, ako by sme očakávali,“ povedal Dr. Petron.

S najväčšou pravdepodobnosťou to bolo preto, že Mu súťažil s ešte úžasnejším variantom: delta. Delta nebola taká zručná v vyhýbaní sa protilátkam ako Mu, ale bola prenosnejšia. „Takže nakoniec sa Delta rozšírila viac,“ povedal Dr Bloom.

Správna voľba, správny čas

Štúdium úspešných variantov rozpráva len polovicu príbehu. „Premenné, ktoré sa nestanú dominantnými, sú istým spôsobom negatívne kontroly,“ povedal Dr. Petron. „Povedia nám, čo nefungovalo, a tým pomáhajú vyplniť medzery vo vedomostiach o premenlivej kondícii.“

Delta prekonala niekoľko imunogénnych variantov okrem Mu, vrátane Beta, Gamma a Lambda. Tento vzor naznačuje, že samotné vyhýbanie sa imunite nestačilo na to, aby variant prerástol vysoko infekčnú verziu vírusu – alebo to aspoň nebolo počas ranej fázy epidémie, keď malo imunitu len málo ľudí.

Ale očkovanie a viaceré vlny infekcie zmenili imunitnú krajinu. Vedci uviedli, že vysoko imunitne nepolapiteľná alternatíva by teraz mala mať väčšiu výhodu, čo je pravdepodobne časť dôvodu úspechu spoločnosti Omicron.

Ďalšia nedávna štúdia naznačila, že imunita sa vyhýba gama v New Yorku Majú tendenciu robiť lepšie V štvrtiach s vyššou úrovňou už existujúcej imunity, v niektorých prípadoch preto, že boli tvrdo zasiahnutí v prvej vlne Covidu. „Nemôžeme vidieť novú premennú vo vákuu, pretože sa nachádza v tieni všetkých premenných, ktoré boli pred ňou,“ povedal Dr. Werthem, ktorý bol autorom štúdie.

Stret premenných v minulosti skutočne odhaľuje, že úspech závisí vo veľkej miere od kontextu. Napríklad New York City mohlo byť rodiskom variantu Iota, ktorý Bolo to objavené prvýkrát Vo vzorkách vírusov odobratých v novembri 2020. „Takže sa dostal skoro na miesto,“ povedal Dr. Petron. Dokonca aj po príchode prenosnejšieho variantu Alpha zostala Iota niekoľko mesiacov dominantným variantom v meste, kým nakoniec zanikla.

Ale v Connecticute, kde Iota a Alpha debutovali v januári 2021, sa veci vyvíjali inak. „Alpha okamžite vzlietla, IOTA nemala žiadnu šancu,“ povedal Dr. Petroni, ktorý viedol operáciu. Študujte premenné v dvoch regiónoch.

Podobný vzor sa už začína objavovať pri viacerých kmeňoch Omicron. V Spojených štátoch BA.2.12.1, variant prvýkrát identifikovaný v New Yorku, vzlietlaPočas pobytu v Južnej Afrike BA.4 a BA.5 poháňajú nový boom.

To je ďalší dôvod na štúdium variantov, ktoré sa zmenšili, povedala Sarah Ottová, evolučná biológka z University of British Columbia. Alternatíva, ktorá nebola dobre prispôsobená konkrétnemu času a miestu, by mohla zaujať inde. V skutočnosti to bola asi Moova smola, že sa objavil tak skoro. „Možno nebolo dosť ľudí s imunitou, aby podporili tento variant,“ Povedal doktor Otto.

Ale ďalší znepokojujúci variant by mohol byť potomok alebo niečo podobné kmeňa, ktorý sa vyhýba imunite, ktorý sa nikdy neuchytil, povedala.

Pohľad na predchádzajúce premenné môže poskytnúť prehľad o tom, čo fungovalo – alebo nefungovalo – na ich obsiahnutie. Nová štúdia Gamma o tom poskytuje ďalšie dôkazy Zákaz medzinárodného cestovaniaprinajmenšom tak, ako ho implementujú Spojené štáty, pravdepodobne nezabráni globálnemu šíreniu variantu.

Gamma bola prvýkrát uznaná v Brazílii koncom roku 2020. V máji toho roku, Spojené štáty zakázali väčšine neamerických občanov cestovať do krajiny z Brazílie, pričom toto obmedzenie zostáva v platnosti Do novembra 2021. Avšak gama bola objavená v Spojených štátoch v januári 2021 a čoskoro sa rozšírila do desiatok krajín.

Keďže Gamma nikdy nedominovala celosvetovo, jej štúdia prevalencie poskytuje „čistejší“ obraz účinnosti zákazu cestovania, povedala Titiana Vasilyeva, molekulárna epidemiologička z Kalifornskej univerzity v San Diegu a autorka štúdie. „Pokiaľ ide o štúdium premenných, ako je delta – niečo, čo všade spôsobuje masívne prepuknutia – je niekedy naozaj ťažké nájsť vzory, pretože sa to deje vo veľmi veľkom rozsahu a veľmi rýchlo,“ povedala.

Dr Faufer povedal, že v prebiehajúcej globálnej zdravotnej núdzi s rýchlo sa meniacim vírusom existuje pochopiteľný dôvod zamerať sa na budúcnosť. Keď sa pozornosť sveta obrátila na Deltu a potom na Omicron, on a jeho kolegovia diskutovali, či pokračovať v štúdiu starej novinky Mu.

spomína si Dr. „Myslíme si však, že stále existuje priestor pre vysokokvalitné štúdie, ktoré kladú otázky o už existujúcich premenných obáv a snažia sa prehodnotiť, čo sa stalo.“